Η ομάδα της Γουμένισσας κατά την ίδρυσή της το 1981 εντάχθηκε στο δυναμικό της Ε.ΚΑ.Σ.ΚΕ.ΔΥ.Μ. και αργότερα της διαδόχου της Ε.ΚΑ.Σ.ΚΕ.Μ. Ο σύλλογος αναρριχήθηκε στην κορυφή του τοπικού πρωταθλήματος το 1996, οπότε και απέκτησε το δικαίωμα συμμετοχής στις εθνικές κατηγορίες της ελληνικής καλαθοσφαίρισης.
Η αλλαγή της χιλιετίας βρήκε την ομάδα στη Γ’ Εθνική Κατηγορία, στα πλαίσια της οποίας αγωνίστηκε μέχρι την άνοιξη του 2007. Από το 2001 και μετά έβρισκε σταθερά θέση στην πρώτη πεντάδα του τελικού βαθμολογικού πίνακα, καταλαμβάνοντας αξιοσημείωτα τη δεύτερη θέση στον όμιλό της κατά τις περιόδους 2002-03, 2003-04 και 2005-06. Η μεγαλύτερη επιτυχία της ανδρικής ομάδας αποτέλεσε η άνοδος στη Β’ Εθνική Κατηγορία τη χρονιά 2006-07, οπότε και η Γουμένισσα ολοκλήρωσε τις αγωνιστικές της υποχρεώσεις στην κορυφή της βαθμολογίας του 1ου Ομίλου Βορρά με 22 νίκες και 4 ήττες.
Κατά την αγωνιστική περίοδο 2007-08 ο σύλλογος αγωνίστηκε στο Πρωτάθλημα της Β’ Εθνικής καταλαμβάνοντας την 11η θέση και αποφεύγοντας με επιτυχία τον υποβιβασμό. Δεν είχε, όμως, την ίδια τύχη και την επόμενη χρονιά, 2008-09, όταν τερμάτισε στη 13η θέση του τελικού βαθμολογικού πίνακα. Στα πλαίσια του θεσμού του Κυπέλλου Ελλάδος αγωνίστηκε σε ένα μόλις παιχνίδι, γνωρίζοντας τον αποκλεισμό από τον Ίκαρο Καλλιθέας με σκορ 95-62.
Το τμήμα καλαθοσφαίρισης εφήβων του συλλόγου διαθέτει στην τροπαιοθήκη του πρωτάθλημα Ε.ΚΑ.Σ.ΚΕ.Μ., του έτους 1999.
Την αγωνιστική περίοδο 1983-1984 προστέθηκε στο σωματείο το τμήμα του στίβου. Ακολούθως την περίοδο 2024-2025 δημιουργήθηκε και το τμήμα πετοσφαίρισης.